Във ФДМ има изградени осем катедри:

Органи за управление на катедрата са: катедреният съвет (КС) и ръководителят на катедрата.

КАТЕДРЕН СЪВЕТ
Катедреният Съвет се състои от всички членове на академичния състав на катедрата. КС се свиква и председателства от ръководителя на катедрата.
КС има следните основни правомощия:

  • избира с тайно гласуване и предлага пред съвета на основното звено за утвърждаване ръководител на катедрата;
  • възлага учебна дейност на академичния състав, отговаря за развитието на този състав, за качеството на учебния процес и за материалната база на катедрата;
  • разработва учебни планове и програми;
  • прави предложения за издаване на учебници и учебни помагала;
  • обсъжда и стимулира научната дейност на катедрата;
  • провежда научни дейности;
  • обсъжда професионалното развитие на членовете на катедрата и прави предложения пред съвета на основното звено за конкурси за попълване на академичния състав;
  • прави предложения за обявяване на конкурси за академични длъжности и за места за обучение на докторанти към съответната катедра;
  • провежда вътрешни защити на дисертационни трудове; обсъжда индивидуални планове и доклади на докторанти и специализанти; прави предложения за избор на жури;
  • взема решения за използването на предоставените финансови и материални ресурси;
  • обсъжда дисциплината и академичната етика на членовете на катедрата и при необходимост излиза с предложения;
  • приема вътрешни правила;
  • избира постоянни и временни комисии и други помощни органи, и определя техните функции;
  • прави предложения пред съвета на основното звено за откриване, трансформиране или закриване на структурни звена от катедрата или на специалности и специализации, както и за продължаване трудовия договор на хабилитирани лица по параграф 11 от ПЗР на ЗВО.
  • катедреният съвет приема решенията си с обикновено мнозинство (повече от 50% от присъстващите).

РЪКОВОДИТЕЛ НА КАТЕДРА
Ръководителят на катедра е хабилитирано в направлението на катедрата лице, което се избира въз основа на конкурс по документи от катедрения съвет и се утвърждава от съвета на основното звено. Ръководителят на катедрата заема длъжността за срок от четири години по основен трудов договор с ректора и има следните основни правомощия и задължения:

  • ръководи дейността на катедрата;
  • отговаря за ползването и опазването на материално-техническата база на катедрата;
  • представлява катедрата пред външни органи и организации в рамките на неговите пълномощия;
  • осигурява и контролира провеждането на учебната дейност в катедрата и трудовата дисциплина. Прави предложения до ръководителя на основното звено за стимулиране и наказване на членовете на катедрата;
  • организира изготвянето на учебните програми и ръководи изпълнението им;
  • следи и подпомага професионалното развитие на академичния състав и останалия персонал;
  • организира своевременното разработване на учебна литература;
  • дава становище при исканите от сътрудниците на катедрата отпуски;
  • подписва или утвърждава издаваната от катедрата документация;
  • ръководителят на катедра по клинична дисциплина ръководи и контролира учебната и научноизследователската дейност и координира лечебно-диагностичната дейност на съответната клиника в университетската болница, съвместно с управителя или изпълнителния директор и началника на клиника. Ръководителят на катедра в колеж може да бъде и нехабилитирано лице.

НАУЧНО-ПРЕПОДАВАТЕЛСКИ СЪСТАВ
Длъжностите на научно-преподавателския състав са хабилитираните преподаватели - доцент и професор и нехабилитираните преподаватели - асистент и главен асистент.
За заемане на академичните длъжности асистент, главен асистент, доцент и професор се избират лица, отговарящи на условията и по реда на ЗРАСРБ, правилника за прилагането му и Правилника за условията и реда за придобиване на научни степени и заемане на академични длъжности в МУ-София.
Предложения за обявяване на конкурси за заемане на академични длъжности се правят от съвета на основното звено, което ще ползва съответния преподавател, при доказване на съответния норматив от вътрешните правила за учебна натовареност в МУ-София.
Решенията за обявяване на конкурси за заемане на академични длъжности в МУ-София се вземат от АС, като тези за университетските болници се съгласуват с управителя или изпълнителния директор на болницата.
Конкурсите за заемане на академични длъжности в МУ-София се провеждат съгласно ЗРАСРБ, Правилника за прилагането му и Правилника за условията и реда за придобиване на научни степени и заемане на академични длъжности в МУ-София.
Научно-преподавателския състав в МУ-София се назначава в съответствие със Закона за висшето образование.
По основни звена се извършва оценяването на приноса на всеки член от научно-преподавателския състав и атестирането му (веднъж на три години за нехабилитираните и веднъж на пет години за хабилитираните преподаватели). Използват се предварително оповестени показатели и критерии, определени в правилник за атестиране, утвърден от ректора на МУ - София.